16S/18S/ITS Amplikon Metagenomik Dizileme, spesifik hedef bölgelerin (amplikonlar) dizilenmesine odaklanan ultra derin bir DNA dizileme yöntemidir. Korunan genlerin kısa (<500 bp) hiperdeğişken bölgeleri veya genler arası bölgeler PCR ile çoğaltılır ve yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisi ile analiz edilerek karmaşık örneklerden birden fazla mikrobiyal tür tanımlanır ve ayırt edilir. Amplikon metagenomik dizileme, 16S ribozomal RNA (rRNA) veya 18S rRNA ve ITS rRNA'nın hedef genlerini evrensel primerlerle dizilemek, sırasıyla bakterilerin (ve arkelerin) ve mantarların (mayalar, küfler vb.) filogenisini ve taksonomisini tanımlamak ve karşılaştırmak için tasarlanmıştır.

16S/18S/ITS Amplikon Metagenomik Dizileme Nasıl Çalışır?

Amplikon metagenomik dizileme, aşağıdakiler de dahil olmak üzere çeşitli örneklerde bulunan tüm mikroorganizmaları araştırmanın etkili bir yoludur:

* İlgi duyulan organizmaların hedeflenmesi ve tanımlanması
* Mikrobiyal toplulukların tam bir bileşimini elde etmek için tek bir deneyde bol miktarda mikroorganizmanın açıklanması ve sınıflandırılması
* Bakteri ve arkelerin (16S) veya mantarların ve diğer ökaryotların (ITS/18S) ayrımı
* Patojenlerin, mikroorganizma kontaminasyonunun, toprak bakteri yararlarının vb. tespiti.
* Hastalık ve kanserleri teşhis etmek için fizyolojik sıvılardan veya dokulardan alınan örneklerin analizi

A&D Genetik’te, Amplicon metagenomik dizileme hizmetleri, hem "OTU" (operasyonel taksonomik birimler) hem de ASV (DADA2) hatları tarafından analiz ve kümeleme elde etmek için deneysel tasarımda büyük bir esneklik düzeyini korumaya yardımcı olabilir. Özelleştirilmiş analiz, Qiime 2 platformunda isteğe göre de kullanılabilir .

* Sonuç Süresi: 45-60 gün
* Platform: Illumina

UYGULAMALAR

İnsan Mikrobiyota Hastalıklar ve insan mikrobiyotası arasındaki ilişkiyi anlamak.	Hayvan Mikrobiyota Bağırsak ve rumen mikrobiyotası arasındaki etkileşimlerin hayvan beslenme ve büyümesinde etkilerin araştırılması	Toprak Mikrobiyota Mikroorganizmalar ile bitkiler arasındaki etkileşimlerin yanısıra gübreleme gibi toprak üzerindeki etkilerin araştırılması	Çevresel Mikrobiyota İnsan dışındaki farklı ekosistemlerde(atık su vb.) bulunan mikroorganizma toplulukların araştırılması	Endüstriyel Mikrobiyota Fermente gıdalarda bulunan bağırsak sağlığı üzerinde etkileri olan ve Biyoteknolojik süreçlerde görev alan mikroorganizmaların araştırılması

KİŞİSELLEŞTİRİLMİŞ MİKROBİYOTA ANALİZİ

metaBIOTA

* Sonuç Süresi: 30-45 gün
* Platform: Illumina
* Numune: Gaita, Vajinal, Oral